本部门按照科室制管理，目前设置为四科六室：

（一）科研组织管理：科研项目管理科、科研成果管理科、学术学会活动管理科、科研经费管理科、北京市习近平新时代中国特色社会主义思想研究中心市委党校研究基地秘书处（办公室）

（二）学报管理工作：学报编辑一室、学报编辑二室、学报编辑三室、学报编辑四室

（三）部门办公（档案）室